1955年，一级教授张毅建立药学学科。1976年，开始招收药学专业班。1999年成立药学系，招收药物制剂专业本科生。2009年成立学院，2019年学院和基础药理教育部重点实验室进行机构整合。现党政机构设有院办公室、教务科、科技与研究生科、学生管理办公室、工会、团委、教工党支部7个、学生党支部2个、研究生党支部4个。教学机构下设药理学、药物分析、药剂学、药物化学、临床药学、生药学、临床药物治疗学、基础化学、无机化学、分析化学、制药工程11个教研室，2016年获批一个国家级实验教学示范中心。

学院现有教师143人，其中管理岗5人，专业技术岗131人，专业技术岗中高教系列101人，实验系列23人，教辅系列7人。高教系列中博士76人，占比75%；硕士22人，占比22%；正高38人，占比37%； 副高61人，占比59%；硕导64人。其中，3人入选教育部新世纪优秀人才支持计划，1人入选中国科协首批“青年人才托举工程”，5人入选贵州省优秀青年科技人才，4人入选贵州省高层次创新型人才“百”层次人选，3人入选贵州省百人领军人才，6人入选贵州省千人创新创业人才，3人入选遵义医科大学“科技菁英”。

在整个办学过程中形成了“科教融合、协同创新”的文化核心理念，现有药物制剂、制药工程、药学、临床药学和中药学5个本科专业，4个本科专业省内均为一本专业招生，现有在读本科生977人。2019年4个专业的平均就业率为94.1%。药学、制药工程专业获批国家级一流本科专业建设点，临床药学专业获批省级一流本科专业建设点，2022年获贵州省高等教育教学成果一等奖2项。

药学学科于1955年开始招收硕士研究生，2010年，获批药学一级学科硕士授权点，涵盖药物化学、药理学、药物分析、药剂学、制药工程学、生药学、临床药学和微生物与生化药学等8个二级硕士授权点，2018年获批药学专业学位硕士授权点。药学学科紧紧围绕国家和地方需求，通过不断努力，逐渐形成了自己的学科特色，国内外影响力逐渐增强，教育教学成果明显，人才培养质量较高，培育了一批优秀的人才。近5年药学一级学科硕士点招收硕士研究生767人。近5年毕业292人，论文抽检合格率100%，就业率100%。

药理学学科2012年获批国家重点学科（培育），药学学科2015年获批贵州省特色重点学科，2017年，药学学科入选贵州省国内一流建设学科。拥有基础药理教育部重点实验室1个，教育部特色民族药国际合作联合实验室1个，贵州省中药民族药2011协同创新中心1个（全省首批2011协同创新中心建设单位），贵州省生物催化与手性药物合成重点实验室1个，贵州省教育厅首批优秀科研创新团队1个，贵州省仿制药物工程研究中心1个，贵州省兰科药用植物繁育及高效应用工程研究中心1个，贵州省生物催化与手性药物合成国际合作联合实验室1个，贵州省医用光学诊疗技术与创新药物研究国际科技合作基地1个，贵州省高等学校绿色制药工程研究中心1个，贵州省遵义市药品与食品开发公共服务平台1个，贵州省生物医药人才基地1个，贵州省卓越药学人才培养基地1个，贵州省卓越药学研究生人才培养基地1个。药学学科近五年获批国家级自然科学基金项目80项，国家重点研发计划“中医药现代化研究”重点专项1项，2016年获贵州省教育厅自然科学一等奖1项，2017年获贵州省科学技术进步一等奖1项，2020年获贵州省自然科学二等奖1项，贵州省研究生教学成果特等奖1项，2022年获贵州省研究生教学成果一等奖1项。学院先后与澳大利亚、日本、新加坡、美国、英国等国家积极开展国际合作交流，共同承担国际合作项目12项，派送了一批学生赴国外进行学术交流和学习。

学院近六年四次荣获学校绩效考核第一名，学院党委2017年荣获贵州省高等学校五好基层党组织，学院集体被贵州省总工会授予为贵州省工人先锋号。

经过几代人的艰苦创业和共同奋斗，尤其是党的十八大以来，学院在教学、科研、学科建设、人才培养及社会服务等各方面都都呈现了快速发展的态势。展望未来，全体学院师生员工将以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，不忘初心、牢记嘱托、感恩奋进，扎根西部革命老区，为把我院建设成为国内外有影响力的学院而不断努力奋斗。